En 2005, termina decimotercero en el Apertura y decimocuarto en el Finalización en el que consiguió 6 triunfos seguidos (récord desde 1966) en las primeras 7 fechas. Las temporadas 2004 y 2005 no serían las mejores para el cuadro embajador, en las que la crisis institucional no solo perjudicaría a nivel económico dejando al club al borde de la quiebra, teniendo que acogerse a la ley 550, sino a nivel deportivo, no clasificando a los cuadrangulares semifinales y terminado penúltimo en el Finalización 2004, en ese mismo año participó por primera vez en la Copa Sudamericana, no pudiendo superar la segunda fase.
