La situación terminó con la dimisión, primero de Futre, y más adelante de Jesús Gil, y por último, con la destitución de Aragonés a final de temporada. Pero más allá de los resultados deportivos, la temporada 2002/2003 se recuerda por las fuertes polémicas y los altercados públicos de Jesús Gil, presidente de la entidad, con Paulo Futre, director deportivo, y Luis Aragonés, entrenador de la primera plantilla. La permanencia matemática se consiguió varias jornadas antes de la finalización de la Liga, e incluso se estuvo cerca de alcanzar puestos europeos, pero un nefasto final de campaña acabaron con las oportunidades rojiblancas de acabar entre los seis primeros.
