De allí en más comenzó a atravesar malas y regulares campañas en los torneos de Primera División, destacándose únicamente un subcampeonato en el Torneo Clausura 2000 y el campeonato del Torneo Apertura 2002, el último campeonato de liga ganado por Independiente a día de hoy. Pese a estar ya clasificado, tercera equipacion real madrid deberá refrendar la primera plaza del grupo con un triunfo ante el Celtic en el Bernabéu en la última jornada de la liguilla.
